для этого понадобится либа cwebp, которая принимает на вход степень сжатия (1..100), имя входного и выходного файлов, и простой баш цикл.
соберем все картинки в одну директорию и перейдем в нее, после чего опишем скрипт:

for file in *
do
cwebp -q 100 "$file" -o "${file%.png}.webp"
done