Es una pregunta que suelen hacerse las empresas al momento de la creación o de algún sistema de información y para comparar estas dos arquitecturas necesitamos saber qué son:

Monolitos

Cuando todas las partes de un sistema de información existen en un solo proyecto o solución se le conoce como Monolito. Todos nosotros, en algún momento de nuestra vida como desarrolladores, jefes de proyecto, testers, etc, hemos trabajado en una aplicación Monolito y esto no es más que una aplicación que trabaja con diferentes capas (Datos, Presentación y Controladores por ej.) que luego de compilar se publica en un servidor y queda lista para su uso. A continuación una imagen que representa la arquitectura Monolítica.

Microservicios

Es un estilo de desarrollo arquitectural en el cuál la aplicación está conformada en varias partes que se comunican unas con otras directamente usando protocolos cómo HTTP.

Ahora a lo que vinimos, las diferencias entre estas arquitecturas.